La Chiesa di San Martino di Casternago viene erroneamente creduta risalente al 1400. Secondo invece la documentazione dell’Archivio Arcivescovile, dove è stata svolta buona parte della ricerca storica, la Chiesa era già nota in un fascicolo risalente alla fine del XII secolo (Liber Notitiae Sanctorum Mediolani).
In questo periodo appartiene alla giurisdizione della Pieve di Brivio, dato che all’epoca e per molti secoli ancora la Brianza era suddivisa in Pievi: Brivio, Missaglia, Olginate, Oggiono, ecc.
Dal XII secolo fino al XV secolo se ne hanno rare notizie.
Viene citata solo nella “Notitia Cleri Mediolanensis de anni 1389” da Gottifredo da Bussero in un quinterno del 1389, dove si riferisce che la tassa pagata da San Martino al Clero è di lire 2, soldi 4, denari 9.
Per quell’epoca ed in proporzione alle dimensioni della Chiesetta è una tassa piuttosto alta, che farebbe supporre una situazione economica diversa dalla presente.
Le seguenti notizie risalgono al 1571, anno in cui San Carlo Borromeo fece visita a tutte le Pievi a Lui preposte.
In questo periodo San Martino passa sotto la giurisdizione della Pieve di Missaglia e non viene più nominata come “ecclesia” ma come “oratorio”.
In un fascicolo specialmente (A.C.M. Pieve di Missaglia Sez. X volume 15 quinterno 5) si trova una relazione dettagliata sui paramenti e gli arredi sacri, con una descrizione sulle condizioni della Chiesa e una nota di tutte le cerimonie celebrate nel corso dell’anno.
Nelle “ordinazioni per la Chiesa di San Martino di Casternago” (A.C.M. Pieve di Missaglia, Sez. X, volume 19, quinterno 25, anno 1571) si fa specifico accenno alle regole vigenti, stabilite da San Carlo negli atti Sinodali a proposito dell’altare “... L’altar co’ la sua predella si faccia co la sua predella alla misura delle regole vigenti...” o a proposito del cimitero ... “il cimitero si serri co’ sbarra di legno acciò no vi possano intrare bestie...”
Purtroppo la decifrazione di questi documenti è difficoltosa in quanto si tratta spesso di brutte copie di lettere o di appunti, scritti non in latino ma in dialetto dell’epoca e qualche volta anche deteriorate.
In una lettera scritta nel 1567 a Don Leonetto Clavone, allora Parroco della Chiesa di San Giorgio a Rovagnate, gli si chiede se il fiume decorrente fra Rovagnate e Perego ponga San Martino dalla parte di Perego o di Rovagnate (A.C.M. Sez. X, vol. 22 quinterno 32).
Da altre lettere seguite sempre dalla visita di San Carlo si accenna alla croce, ai candelieri di ottone, alle finestre e così via, mentre una pianta di tutta la Pieve di Missaglia (A.C.M. Sez. X, vol. 20, quinterno 8) sempre del 1571, indica le strade che si dipartono da Missaglia verso le varie Parrocchie.... Rovagna (Rovagnate) lontano da Missaglia miglia 4...
Mentre nel 1611 si parla ancora in termini normali dell’oratorio di San Martino (A.C.M. Vol. 4 quinterno 19) in una relazione scritta per ogni parrocchia si dice “...Seguita un’altro oratorio nel luogo di Casternago intitolato a San Martino, antico, et mezzo diroccato ...”
Nonostante San Carlo avesse ordinato di restaurarlo ciò non fu mai fatto perché i soldi furono sempre devoluti alla Chiesa di Rovagnate “... quel poco di sepelettile ch’aveva sta reposto qui in chiesa (Rovagnate) ...”
Sempre in un’altra relazione (Sez. X, Vol. 39, quinterno 2, Foglio 4 , anno 1640), si accenna a “... San Martino di Casternago, chiesa antica diroccata ... et non vi si celebra da molti anni ...” Dal foglio 3, quinterno 14 del 1710, da una visita del Vicario Foraneo risulta soltanto brevemente “... visitato fuit oratorius St.Martini Castrenardi...” mentre dal foglio 9, anno 1723, dallo Stato del Clero “... il quale si celebra ne i giorni feriali nell’oratorio di San Martini de Casternago ...”
Questo fa supporre che la Chiesa sia stata restaurata negli anni dal 1640 al 1723. Lo fa supporre anche la decorazione delle pareti, tuttora esistente, mentre nel 1571 si parlava di pareti nude.