A nord del paese, sopra una collina dal lieve pendio fra la roggia Molinara ad est, il rio Fiume e la strada per Como a ovest, nel 1715 venne costruito un primo fabbricato a pianta quadrata e corte chiusa interna, il cui braccio occidentale fu nel giro di qualche tempo ampliato in forma di casino di campagna da Ilario Corti, che possedeva vasti ronchi con gelsi. La dimora antica, cioè la parte anteriore, fu ripresa nel corso della prima metà dell'Ottocento ampliandola verso nordovest, sul parco posteriore, con salone a tre fornici su pilastri e due alette aggettanti a chiudere una piccola corte. Altri interventi del tardo Ottocento compresero la formazione di case coloniche, ora in degrado. Pervenuta la villa al conte Ernesto Lombardo, venne da lui ceduta nel 1922 alla Gioventù Femminile di Milano, che ne ricavò una casa spirituale, necessitata a numerosi adattamenti. Fra questi, la formazione di una cappella nell'ala ovest, trasferita entro il 1932 nella ampia chiesa di Santa Marcellina costruita in forme neoromaniche a poca distanza. Nel 1974 infine il fabbricato fu passato al Comune che vi ha posto la sua sede. Nel complesso, dall'impronta sostanzialmente ottocentesca, risalta la rossa fronte divisa in tre sezioni da lesene; la parte centrale su tre piani ha un portale classicheggiante del tardo Settecento con due colonne laterali, porte finestra superiori e un piano a balconcini e termina poi con un coronamento mistilineo ove era posto un campaniletto. Una lunga terrazza su mensole taglia l'intera fronte. Forse condotto sull'antico è l'atrio ottagonale su pilastri, un tempo decorato; esso regge al piano nobile della parte antica un grande salone con volta a padiglione, anch'esso ora privo di decorazioni e risalente, sembrerebbe, al tardo Settecento: sui lati lunghi corrono due balconate contrapposte a raccordo ondulato e munite di balaustra in ferro sopra il piano retto da mensole lavorate; questa sala da ballo e da musica è ora il salone consigliare, che ha pure un camino marmoreo, elegante e sobrio rispetto ad altri di fattura rococò. Dalla spianata a giardino, alcune scalee rifatte scendono al resto di un ninfeo e al giardino all'italiana con anello centrale ove era una fontana; le numerose statue sono recenti. Dietro la villa sul colle continua un giardino paesaggistico di notevole interesse. L'appellativo comune di Villa Biscia deriva da un toponimo tipico derivato dalla prossima località della Biscioja.
Archivio di Stato di Como, Catasto teresiano, Rovagnate, mappe 292, tav. 42 (Merate); Catasto cessato, Rovagnate, mappe 316. La Lombardia paese per paese, 118, Firenze 1996.