XV-XVI SEC: Dell’esistenza della chiesa, consacrata nel 1540, si ha notizia fin dai primi del quindicesimo secolo (1420). Dalla visita pastorale del delegato del Cardinale Carlo Borromeo (1567), sappiamo che la chiesa era lunga 34 braccia e larga 19, equivalenti a circa 20 x 11 m, quindi relativamente più piccola rispetto all’attuale, per circa 1/3. Dalla visita pastorale della metà del XVIII sec. (Pozzobonelli) sappiamo che la chiesa aveva due cappelle, una dedicata alla Beata Vergine, l’altra a San Carlo, la cui devozione riteniamo fosse già viva fin dai primi anni del secolo precedente. Alla chiesa di Rovagnate, infatti, nel 1613, venne donata da Angelo del Conte, una statua di San Carlo realizzata in legno di tiglio, ancora la stessa venerata oggi. Sempre dalla visita del Pozzobonelli, sappiamo che la chiesa aveva un organo ed una cantoria in legno di noce, il portale esterno era arricchito da modanature in pietra molera e da un protiro su due colonne lapidee da cui si passava uscendo all’antistante area cimiteriale (a tal proposito, nell’interno della chiesa, a quell’epoca, si contavano 8 sepolcri).
XVIII SEC: Una breve annotazione indica che dopo vent’anni da quella descrizione, nel 1771, la chiesa fu restaurata: non si conoscono tuttavia con precisione i lavori eseguiti. Un’importante annotazione riguarda invece l’avvenuta realizzazione dell’Altare Maggiore (l’attuale): da indicazioni recenti, fornite da studiosi, pare che il disegno dell’altare sia da attribuire all’architetto Carlo Amati, famoso soprattutto per il progetto della facciata del Duomo di Milano, da lui eseguito con l’Arch. Zanoia.
XIX SEC: E’ nel secolo successivo (XIX) che la chiesa subì notevoli trasformazioni. Venne innanzitutto realizzato il coro (1823), mentre il campanile venne arricchito da un nuovo concerto di campane commissionato alla ditta Bizzozzero di Varese (1845). Ma è soprattutto l’ampliamento della chiesa, di cui abbiamo notizia nel 1869 (lapide commemorativa posta al di sopra della porta di accesso del campanile), che trasformò radicalmente la parrocchiale. L’interno venne completamente rinnovato ad opera di Valentini Bernasconi il quale, oltre a decorare la parte aggiunta, arricchì e ridecorò le superfici antiche, in particolare realizzò l’articolato fregio in “fintobronzo antico a chiaroscuro con puttini volanti” (per uno sviluppo di 100 m, h 40 cm), decorò la cantoria ed il pulpito. Nella stessa epoca, ad opera della ditta Angelo Crippa (?), vennero realizzati la cappella ed il nuovo altare dedicato a San Giorgio ed ampliato l’altare del SS. Crocifisso (1877) ad opera dei marmisti Giuseppe Gavoldi e figlio Adolfo di Lecco. Tutto ciò sulla base di un interessante disegno ad acquerello conservato, con quelli di altri altari, nell’archivio parrocchiale di Rovagnate. Furono infine restaurate le due cappelle esistenti, quella di San Carlo e della Beata Vergine, oltre a dotare di organo la chiesa. Queste importanti opere, compiute grazie alla benefattrice Marchesa Carolina Bendoni Casati, furono condotti dall’arch. Enrico Terzaghi, mentre i lavori furono eseguiti dal Capomastro Ferdinando Ronchetti (dal Cronicon). Anche la facciata, su disegno dello stesso architetto, dopo pochi anni (1877) venne completata con decorazioni a stucco fintomarmo ed elementi in granito serizzo quali portali, cimase, zoccolatura, gradinata ed altri elementi, realizzati da Andrea Pirovano di Viganò.
XX SEC : Dopo un primo intervento consistito nello spostamento della balaustrata dell’Altare maggiore(1908) verso gli anni trenta iniziò una lunga serie di consistenti lavori di restauro. Si iniziò con la Cappella del SS. Crocifisso, ad opera della Ditta Ambrogio Sala di Viganò che rinnovò la volta e le pareti, successivamente fu sostituito il pavimento.
Con quell’occasione fu restaurato anche il Crocifisso (nei documenti d’archivio viene fatto risalire al quattrocento) ad opera della Scuola del Beato Angelico, I lavori consistettero nel ritocco parziale delle dita delle mani, dei piedi e della croce, mentre “venne cambiata solo la capigliatura”. L’interno della nicchia che contiene l’opera venne rivestita di “nuovo damasco di tutta seta della ditta Terragni (?) di Como”. Si procedette quindi, nel 1933, al restauro generale degli interni, eseguiti dal pittore e decoratore Luigi Casati di Merate. In particolare i lavori interessarono:
- le 3 cappelle (San Giorgio - Beata Vergine - San Carlo),
- la volta e le pareti superiori del Coro,
- tutte le pareti laterali della chiesa - in pratica
furono “nuovamente decorate”- con dorature sulle parti ornamentali degli altari.
Un lavoro quindi assai invasivo, al punto che nella Cappella della Beata Vergine furono “dipinte di nuovo le due figure di S. Anna e di S. Gioacchino”, mentre nella cappella di San Carlo furono in parte “restaurate le due figure di San Giuseppe e di S. Ambrogio, quasi scomparse”. Ma ancora, furono rifatti tutti i disegni scomparsi che erano sugli archi sopra l’altare Maggiore, come pure vennero rifatte due grandi cartelle (?) laterali della tazza centrale, le cartelle (?) del Coro, ed infine furono ritoccate tutte le pareti del Presbiterio. Anche la statua di San Carlo (donata alla chiesa nel 1613), non sfuggì a questo “restauro” che, a detta dello stesso decoratore, si concretizzò nel rifacimento del piedistallo e delle braccia e nella ridecorazione complessiva della statua.Con lo stesso intervento venne rifatto pure il pavimento della chiesa. Appena dieci anni dopo, nel 1944, in relazione all’esito dei precedenti “restauri”, la Parrocchia decise di rinnovare completamente le decorazioni della cappella della Beata Vergine affidando i lavori al pittore Pierino Rossini di Cologna (che in quegli anni aveva lavorato alla nuova chiesa di Cologna). Non siamo tuttavia ancora giunti all’attuale configurazione. E’ infatti del 1966 un ulteriore “importante” intervento di restauro complessivo degli interni, eseguito ad opera della ditta IRAC di Marcato di Milano, nel corso del quale furono rifatti ed aggiunti molteplici elementi decorativi descritti nella tabella Cronologia Documentaria di seguito esposta. Gli interventi più recenti consistono nella modifica dell’altare maggiore, conformato verso gli anni settanta alle nuove disposizioni liturgiche, con lo smembramento e lo spostamento della mensa nell’attuale posizione e le relative modifiche della gradinata e del pavimento circostante (il restante pavimento dell’aula fu sostituito poi nel 1989). Nell’ottanta si procedette al rinnovo delle coperture, delle facciate e del campanile (1980), in quell’occasione si intervenne, con alcuni ritocchi, negli interni, in particolare nelle cappelle di San Carlo e della Beata Vergine.